คอหอยประกอบด้วยช่องจมูกคอหอยและกล่องเสียง เยื่อเมือกของทั้งสามมีความต่อเนื่องและอยู่ในทางเดินหายใจส่วนบนผ้าเช็ดปากช่องจมูกและผ้าเช็ดปากช่องจมูกมีเพียงเส้นทางการสุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกัน การเก็บตัวอย่างช่องปากคือ oropharynxไม้กวาด, การสุ่มตัวอย่างจมูกเป็นโพรงจมูกxอย่างไรก็ตามเนื่องจาก oropharyngealไม้กวาดสามารถทำได้โดยการเปิดปาก มันค่อนข้างง่าย ดังนั้นจึงมักใช้ในทางคลินิกมากกว่า แต่ความเสี่ยงของการได้รับตัวอย่างจะสูงกว่า
การทดสอบกรดนิวคลีอิกสำหรับโรคปอดบวมจากไวรัสโคโรน่าครั้งใหม่นั้นสามารถใช้สำลีก้านจมูก เสมหะและสารคัดหลั่งอื่นๆ ของระบบทางเดินหายใจส่วนล่าง เลือด อุจจาระ และตัวอย่างอื่นๆ ของผู้ป่วยเพื่อทำการทดสอบ สำหรับกรดนิวคลีอิกของ coronavirus ใหม่ หากกรดนิวคลีอิกของตัวอย่างเป็นบวก ก็สามารถยืนยันการติดเชื้อไวรัสได้ การติดเชื้อ coronavirus ใหม่ส่งผลกระทบต่อเซลล์เยื่อบุหลอดลมและเซลล์เยื่อบุผิวที่เป็นถุงเป็นหลัก ควรใช้ตัวอย่างทางเดินหายใจส่วนล่าง เช่น เสมหะและสารสกัดจากทางเดินหายใจ ให้มากที่สุดเพื่อสะท้อนการติดเชื้อไวรัสได้แม่นยำยิ่งขึ้น